Nei secoli successivi alle origini l’Ordine Cistercense, che in breve tempo aveva raggiunto una eccezionale fioritura numerica, vive le inevitabili alternanze storiche tra periodi di maggior fervore e vicinanza al carisma delle origini e periodi invece di minore chiarezza, che rendono necessario riprendere con nuovo vigore una riforma che sia una vera attuazione dell’autenticità delle origini.
Il Capitolo Generale si radunava annualmente per verificare il cammino delle comunità e garantire l’autenticità della vita Cistercense e l‘uniformità nelle medesime osservanze fondamentali; ma durante un intero secolo, a causa della guerra dei Cento anni (1335-1435), i Capitoli Generali sono sospesi e a motivo dello Scisma  d‘Occidente i monasteri stessi si dividono nell’obbedienza all’uno o all’altro Pontefice.

Al termine della Guerra dei Cent’anni e terminato il Grande Scisma, il Capitolo Generale cercò di raggiungere, tramite lo strumento della Visita Regolare, le comunità sparse nelle regioni più lontane e che avevano bisogno di riforma. Si occupò così della Europa del Nord, della Spagna, (nella quale Martin de Vargas (1425) concepisce il progetto di ritornare a una osservanza più austera; fonderà così la Congregazione di Castiglia, la prima delle Congregazioni Cistercensi), e raggiunge le comunità dell’Europa Orientale, dell’Inghilterra, del Belgio e delle Fiandre.
Nel 1494 l’Abate di Citeaux formula una coraggiosa proposta di riforma  per far rivivere, dove ce ne fosse bisogno, la vitalità dell’osservanza, debilitata dalla guerra, dalla commenda, dal malgoverno.
Inoltre l’Ordine  in seguito alla grande frattura della Riforma protestante, mano  a mano si differenzia a seconda delle nazionalità e dei paesi di appartenenza.
Le Congregazioni che, nate verso la prima metà del 1440, tendono a scomparire nella prima metà del 1800, hanno fatto rivivere, secondo le regioni, un fermo desiderio di rinascita dello spirito Cistercense. Esse dovettero adeguare il loro stile di vita alle norme imposte dai movimenti di riforma che le attorniavano.
Durante il periodo  storico della Congregazioni, di cui diamo qui di seguito l’elenco, tutti i monasteri subirono grandi trasformazioni, lasciando profonde tracce di crescita nella vita spirituale, intellettuale e comunitaria.

1425 Martino V: Congregazione di Castiglia
1497 Alessandro: Congregazione di san Bernardo in Italia
(siamo alla vigilia del Concilio di Trento)
1567 Pio V: Congregazione del Portogallo
1616 Paolo V: Congregazione della Corona di Aragona
1623 Gregorio XV: Congregazione Romana
1623 Urbano VIII: Congregazione dell’Alta Germania
1806 Pio VII: Congregazione Elvetica
1894 Leone XIII: Congregazione Svizzero-Tedesca

1500: Nelle mutate condizioni storiche (grandi scoperte geografiche, missioni, dal punto di vista artistico e culturale si diffonde in Europa l’esperienza del Rinascimento italiano, il  pensiero umanista, lo stile di vita mondano e ricco di parte della Chiesa) si fa strada un desiderio di riforma;  il Concilio Lateranense V elabora un programma, che rimane però senza esito.
La miccia della riforma si accende in un movimento che diventerà di rottura con la Chiesa Cattolica: la Riforma Protestante , in seguito alla quale sono innumerevoli le estinzioni e soppressioni di monasteri.
All’interno della Chiesa, i primi a rispondere all’esigenza della riforma sono gli Ordini religiosi:

Gesuiti (1540)
Domenicani (1206)
Francescani (nati nel 1226, riformati nel 1517)
Benedettini, in Italia (1621, Congregazione dei Maurini)
Carmelitani, in Spagna (1515-1582)
Agostiniani (nati nel 1244 dall’unione di diversi gruppi eremitici)
I laici aderiscono al movimento della devotio .

Per quanto riguarda la riforma dell’Ordine Cistercense, è difficile generalizzare; ma il punto di maggior difficoltà è l’uso della commenda, per cui facilmente i monasteri si trovano affidati ad Abati che non hanno un vero interesse alla vita monastica, ma semplicemente approfittano del monastero per il proprio tornaconto. Le vocazioni calano, aumenta uno stile di vita  di ripiego, la vita spirituale tende a scadere.

Le guerre fanno scomparire molti monasteri dell’Ungheria, della Svizzera, dei Paesi Scandinavi, dell’ Inghilterra.

1565 Il Capitolo Generale si riunisce per promuovere l’attuazione dei decreti del Concilio: e i tre uomini  all’origine del movimento della Stretta Osservanza (Dom Denis Largentier, Abate di Clairvaux, Dom Octave Arnolfini, abate della Charmoie , Dom Etienne Maugier,) sono tra i più impegnati nell’opera di riforma promossa dal Concilio di Trento e tesi a renderla effettiva.
Il 9 maggio 1606 i tre sottoscrivono una dichiarazione comune che esprime la  volontà di Riforma rinnovamento
Risulta evidente che questa volontà all’interno dell’ordine è anche una espressione di un più generale movimento di rinnovamento e di riforma all’interno della Chiesa, come, in diverse condizioni, era stato anche per il rinnovamento del primo Citeaux all’interno della Riforma gregoriana.

In Francia al momento della messa in atto della Riforma decisa dal Concilio di Trento l’Ordine si divise tra monasteri Riformati, detti della Etroite Osservance e monasteri non riformati, detti della Comune Osservanza e d’altra parte tra i due stili di vita non correva una grande differenza nel comune desiderio di radicalità nell’osservanza della Regola di San Benedetto;  anche se si sottolinea molto da una parte l’astinenza dalle carni come nota distintiva, le osservanze centrali della vita erano le medesime, con una maggior accentuazione del lavoro manuale, e un accento più disciplinare e penitenziale. .
All’inizio i promotori della riforma avevano un grande rispetto e considerazione per i monaci che non desideravano accettare la Riforma, ma quelli che dopo di loro presero in mano le sorti dell’Ordine non sempre ebbero lo stesso rispetto e apertura di spirito; questo unito ad altri fattori (la tradizionale competizione tra gli abati di Citeaux e Clairvaux, il contrasto tra Citeaux e i primi quattro protoabati, i metodi abbastanza severi e rigorosi che prevedevano l’espulsione  dei non astinenti, la non accettazione di novizi che non fossero destinati alla riforma , il coinvolgimento di grandi personaggi di stato come il Card. Richelieu, protettore dell’ordine e il Card. la Rochefoucauld  scatenò un noiosa dissidio detto guerra delle Osservanze che durò con fasi diverse per lo spazio di  quaranta anni.
La Costituzione In Suprema pubblicata nel 1666 il 19 aprile da Papa Alessandro VII unifica la disciplina, salvo il particolare dell’astinenza dalle carni, e l’unità all’interno dell’Ordine pur dando una certa autonomia alla Stretta Osservanza.

Nel corso della Guerra delle Osservanze la parte della Stretta Osservanza era stata affidata a Armand Jean Le Bouthillier de Rancé. Egli vive nel quadro glorioso del “gran secolo” dominato da Re Sole, Luigi XIV (1643-1715) e porterà a termine la sua riforma, ritorno alle fonti del monachesimo a partire dalla comunità di La Trappe.

Armand Jean Le Bouthillier de Rancé nato il 9 gennaio 1626 porta il nome del Padrino di battesimo, Cardinale Richelieu. Di famiglia nobile e ricca, avviato alla carriera ecclesiastica per ambizione mondana, vive progressivamente una seria conversione (come San Paolo o Sant' Agostino) e quando nel 1664 gli viene affidato, in quanto Abate commendatario, il monastero della Trappe, desidera instaurarvi uno stile più austero, riformato e penitente. Il metodo austero non cambia il  fine della vita Cistercense, che rimane  non la penitenza ma la carità perfetta, cui la prima deve condurre. Rancé, con il suo ritorno alle fonti dell’ascesi monastica e il rifiuto di qualsiasi rilassamento, restituiva credibilità e attrattiva alla vita Cistercense. Grande influenza ebbero gli scritti di questo, che Bossuet chiamò “nuovo Bernardo”; specialmente “I doveri e la santità della vita monastica” e I Regolamenti della Trappa.

La riforma trappista ebbe una grande fecondità e si verificò ciò che già succedeva ai tempi di Bernardo: monaci di ogni Ordine vollero entrare nella Trappe.
Come tutte le esperienze estreme e radicali, se ebbe il merito di far rinvigorire il fervore e salvare l’autenticità di alcuni aspetti della vita Cistercense, per altri aspetti, in particolare per un marcato accento penitenziale, fu un’esperienza non universalmente proponibile.

Un secolo più tardi della riforma operata da De Rancé, Agostino di Lestrange, un altro monaco della stessa tempra,  salverà un resto di monaci per sciamare con loro dalla Russia all’America e mantenere vivo il monachesimo al di là della grande e radicale persecuzione della Rivoluzione Francese
Nel 1790 l’Assemblea Nazionale decretava la soppressione degli Ordini e delle Congregazioni in cui si emettevano i voti solenni. I monasteri si svuotarono o presero la via dell’esilio, molti incontrarono il martirio. Il maestro dei novizi della Trappe, Dom Agostino, intuì che l’esilio poteva essere un modo per salvare per i posteri l’esperienza monastica e con 22 monaci il 1 maggio 1791 si mise in viaggio per fermarsi in Svizzera, fondando alla Valsainte, luogo propizio dove condurre la vita che avevano scelto.
L’esperienza della Valsainte e la vita ivi condotta sono descritte nei Regolamenti della Valsainte,  scritti sul modello di quelli di De Rancé e ancora più austeri, sia nell’ascesi che nella preghiera che nel lavoro manuale. Anche le monache seguivano gli stessi regolamenti dei monaci.
1798-1803: quando la Svizzera non fu più un rifugio sicuro, Dom Agostino, con  254 persone tra monache, monaci, fanciulli partì in direzione della Russia e di là in America.
Così come da un seme portato dal soffio dello Spirito,  l’esperienza monastica  si diffuse da un capo all’altro della terra.
In Francia Napoleone  avrebbe anche sostenuto le case dei Trappisti, salvo che Dom Augustin, di fronte all’arresto di Papa Pio VII, chiese ai monaci di ritrattare il giuramento di fedeltà all’imperatore, scatenando la sua collera e provocando la soppressione dei monasteri de la Trappe su tutto il territorio dell’impero. Con la soppressione di Citeaux e di tutti i  monasteri Cistercensi di Francia prima,  poi anche di tutti i monasteri della Trappe, l ’Ordine non aveva più quadri dirigenti e Dom Augustin era visto a Roma con una certa diffidenza.

Quando Pio VII ritornò a Roma nel 1814, per prima cosa pensò alla restaurazione degli Ordini Religiosi eleggendone i Generali.
Ristabilì Casamari, S. Croce in Gerusalemme, S. Bernardo alle Terme, il cui Presidente Raimondo Giovannini fu considerato Generale dell’Ordine.
Nell’Italia di fine secolo, definita un miscuglio di parlamentarismo all’inglese, di accentramento alla francese e di militarismo alla prussiana, la Chiesa si presentava come la roccia su cui fondare le speranze del futuro attraverso l’azione dei grandi Pontefici che spinsero a dar nuova via agli Ordini religiosi devastati dalla repressione liberale e anticlericale.